Tıbbi görüntülerde derin öğrenme alanında doktora öğrencisi
Dr. İlkay Öksüz
oksuzilkay@gmail.com
Kurum
Ulusal Manyetik Rezonans Araştırma Merkezi’nde tıbbi görüntü edinimi ve geriçatımı konusunda burslu doktora olanağı sunulmaktadır. Pozisyon, Prof. Dr. Tolga Çukur danışmanlığında Bilkent Üniversitesi Ulusal Manyetik Rezonans Araştırma Merkezi’nde (UMRAM) yer alacaktır. Seçilen aday Dr. İlkay Öksüz ve İstanbul Teknik Üniversitesi ile yakın iş birliği içinde çalışacaktır.
Tıbbi görüntü analizi
Son gelişmeler, MRI görüntülerinin daha verimli biçimde geriçatılmasını sağlamıştır. Bunun en belirgin örneği, eksik örneklenmiş k-uzayı verisinden MRI geriçatımına olanak tanıyan sıkıştırılmış algılamalı MRI’dır. MRI geriçatımı doğrusal olmayan bir eniyileme probleminin çözülmesini gerektirir. Tıbbi görüntü geriçatımında makine öğrenmesi kilit bir rol oynayabilir. Proje, makine öğrenmesindeki ve özellikle temsil öğrenmesindeki son gelişmelerden yararlanarak, görüntülerin (hatta klinik açıdan yararlı bilginin) geri kazanılması için en uygun temsil ve önselleri doğrudan ham veriden öğrenmeyi amaçlamaktadır. Projenin temel görevleri şunlardır:
1. Ham kardiyak MR verisinin edinimi
2. Eksik örneklenmiş k-uzayı verisinden kardiyak MRI geriçatımı
3. Kardiyak MRI’daki zamansal bağımlılıklardan yararlanan derin öğrenme tabanlı geriçatım algoritmalarının geliştirilmesi
Burs ve ayrıntılar
Doktora pozisyonları Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) tarafından tam burslu olarak (aylık 4500 TL) desteklenmektedir. Öğrenciler saygın uluslararası konferanslara katılabilecek ve önde gelen uluslararası kurumlarda zaman geçirebilecektir. Adayların Türkiye’de bir lisansüstü programa kayıtlı olması gerekmektedir ve çalışmaya hemen başlanabilmektedir. Temsili az olan grupların başvurusu özellikle beklenmektedir.
Aranan nitelikler
Fizik, bilgisayar bilimi ya da mühendislik alanında akademik geçmişi olan, motivasyonu yüksek öğrenciler aranmaktadır. Aranan beceriler:
- Python ve derin öğrenme kütüphaneleri (örneğin PyTorch, TensorFlow ya da Keras) ile deneyim
- Makine öğrenmesi ve bilgisayarlı görü problemlerine ve algoritmalarına ilgi
- Klinik problemler üzerinde çalışma isteği ve MR fiziği bilgisi
- İyi düzeyde akademik yazım ve İngilizce iletişim becerisi
Başvuru
Başvuru için özgeçmiş, not dökümü ve neden değerlendirilmek istendiğini açıklayan kısa bir yazı (en fazla 1 sayfa) oksuzilkay@gmail.com adresine gönderilmelidir.