Duyurular

UMRAM’da 3 Ocak 2018 tarihinde yangın söndürme eğitimi ve tatbikatı düzenlendi. Bilkent Üniversitesi Sivil Savunma ve Güvenlik Müdürlüğü tarafından verilen eğitimde UMRAM çalışanlarına ve öğrencilerine acil durumda yapılması gerekenler anlatıldı. Ardından, bir yangın tatbikatı yapılarak yangına nasıl müdahale edileceği öğretildi. Bilkent Acil telefon numarası: 0 312 290 66 66  

UMRAM ve Bilkent Üniversitesi Psikoloji Bölümü yeni öğretim üyesi: Dr. Burcu Ayşen Ürgen Burcu Ayşen Ürgen, 2015 yılında Kaliforniya Üniversitesi San Diego (ABD), Bilişsel Bilimler alanında doktora derecesini aldı. Doktora öncesinde Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Orta Doğu Teknik Üniversitesi’nde (ODTÜ) Bilişsel Bilimler alanında yüksek lisans yaptı. Doktora çalışmasını takiben Parma Üniversitesi (İtalya) Nörobilim Anabilim Dalında Profesör Guy A. Orban ile doktora sonrası araştırmacı olarak çalıştı. Ürgen’in birincil araştırma alanı, biyolojik hareket ve eylem algısına odaklanan insan görsel algısıdır. Davranışsal yöntemlere ek olarak, görsel algının nöral temelini incelemek için fMRI, EEG ve intrakranyal kayıtları içeren çok çeşitli invazif ve invazif olmayan görüntüleme teknikleri kullanmaktadır. Araştırmaları, makine öğrenimi, bilgisayar görüşü ve etkili bağlantı dahil olmak üzere gelişmiş hesaplama tekniklerini kullanmaktadır. Temel bilişsel sinirbilim araştırmalarının yanı sıra Dr. Ürgen, robotlar gibi yapay ajanlarla başarılı etkileşime yol açan insan faktörlerini araştırmak için sosyal robotik ve bilişsel sinirbilim arasında disiplinler arası bir araştırma yürütmektedir. Profil için: https://umram.bilkent.edu.tr/index.php/teams/burcu-ayse-urgen/ Kişisel web sitesi: http://burcu.urgen.bilkent.edu.tr Laboratuvar web sitesi: http://www.ccn.bilkent.edu.tr

Görkem Er 13 Eylül 2018 tarihinde yüksek lisans tezini başarıyla sundu. UMRAM’da yükseklisans çalışmalarını sürdüren Görkem Er, Bilkent Üniversitesi‘nde danışmanı Hüseyin Boyacı ile birlikte Neuroscience Master programına devam etmektedir.   Tez Başlığı: Kontrast ne Büyüklüğün Hareket Algısındaki Rolü: V1 Ve MT’deki ÇEvre Ve Merkez Etkilesimlerinin FMRI ve Davranişşal Deneylerle İncelenmesi. Abstract: Davranışşal deneyler, izleyicinin hareket eden görsel uyaranın yönünü tayin etme becerisinin uyaranın boyutunun büyümesiyle attığını, fakat bu artışın uyarıcı düşük kontrasta sahipse gerçekleştiğini, yüksek kontrasta sahipse de yönü tayin etme becerisinin düştüğünü göstermiştir. Kortikal bölge ”orta temporal” (MT+) deki nöronlarının alım alanı organizasyonunun bu gözlemlenen konrast- büyüklük etkileşiminden kaynaklanan algı etkisine sebep olduğu ileri sürülmiştür. Bu önermeyi destekeyen deliller de temin edilmiştirdir literatürde. Fakat, daha önceki araştırmalar, MT bölgesinin aktivitesinin bahsedilen algısal etkiye yol açan tek sorumlu bölge olduğunu kesin bir şekilde test edip göstermemiştir. Bu araştırmada, hareket algısında büyüklük-kontrast etkileşimini işleyen bölgeyi bulmak amaçlanmaktadır. Bu sebeple, görsel korteks (V1) ve MT+’nin aktivite grafiklerinin algısal sonuçlara olan rolünü incelenmektedir. İlk olarak, davranışşsal deneylerle küçük ve büyük (1.67 ve 8.05 derece) boyutlarda hareket eden ve düşük (% 2) veya yüksek (% 99) kontrast seviyesinde Gaborları çevresel bölgede (fiksasyon bölgesine uzaklık sağdan ve soldan 8.02 derece) göstererek literatürdeki sonuçları doğrulayan sonuçları bulduk. Hareket yününün doğru ayırt edildiğini gösteren eşik değerleri (% 79) iki-alternatif zorunlu seçenek (2AFC) tasarımı ile on bir kişi için ölçüldü. Daha önceki araştırma sonucları ile örtüşerek, hareket yönünü doğru ayırt eden eşik değerinin uyarıcı düşük kontrasta sahipken uyarıcının büyüklüğünün artmasıyla azaldığını; yüksek kontrastlıyken ise, uyarıcının büyüklüğünün artmasıyla birlikte arttırdığını gözlemledik. Araştırmanın ikinci aşamasında altı katılımcı, davranışşsal deneydeki uzaysal ve kontrast seviyelerin aynı tutulduğu blok tasarımlı fMRI araştırmasına katıldı. Biz ilk olarak her katılımcı için, yer-belirleme çekimleri ile V1 ve MT+ bölgelerini temsil eden ilgi alanları (ROI) belirledik. Daha sonra, bu bölgeler içerisinde bağımsız bir ‘yer belirleme’ (localizer) ile küçük boyutta (1.06 derece) uyarıcıyı işleyen ’alt bölge’ (sub-ROI) belirledik. Bu kurgu sayesinde, büyük ve küçük boyuttaki uyarıcıların bütün çekim boyunca alt-bölgeyi uyarmasına izin verdik. Bu sayede, alt bölgede gözlemlenen fMRI aktivitesi değişikliği çevrenin merkeze olan etkisini ön plana çıkaracaktı. Uyarıcının merkezine verilen MT+ aktivitesinin ̧cevresel bölge düşük kontrasta sahipken arttığını, yüksek kontrasta sahipken değişmediğini gözlemledik. Bununla birikte, uyarıcının merkezine verilen V1 aktivitesininin çevresel bölge yüksek kontrasta sahip olduğunda arttığını, düşük kontrasta sahipken değişmediğini gözlemledik. Diğer bir deyişle, uyarıcı düşük kontrasta sahip olduğunda, çevresel bölgenin merkezi işleyen MT+ nöronlarına etkisinin destekleyici (facilitative) oldug ̆unu gözlemledik. Bu nöronal iyilişme (neural facilitation) davranışşal deneydeki düşük kontrastlı uyarıcının büyüklüğünün artmasıyla gözlemlenen performans artışını açıklar niteliktedir. Bu sonuçlar, merkez-çevre etkileşiminin V1 ve MT+ bölgeleri için ayrıştığını, büyüklük-kontrast etkileşiminin MT+ bölgesinde başladığına delil göstermektedir.

Yeni Web Sitemiz Yayında!

UMRAM web sitesi https://umram.bilkent.edu.tr artık yeni yüzü ile yayında! Akademik ve teknolojik anlamda daha iyi hizmet verebilmek adına, yeniliklerle dolu web sitemiz yayınlandı. Güncel haberlere, yayınlara, projelere, geçmiş ve gelecek etkinliklere ve konferanslara, gelişmiş kişisel sayfalara, UMRAM fotoğraflarına ulaşabilirsiniz. Saygılarımızla

Mert Hidayetoglu of University of Illinois at Urbana Champain presented on his PhD studies.

Talk was entitled “SUPERCOMPUTING FOR FULL-WAVE TOMOGRAPHIC IMAGE RECONSTRUCTION IN NEAR-REAL TIME.”

The abstract of the talk is:

Full-wave methods incorporate all wave phenomena into the image reconstructions by solving the Helmholtz equation with no fundamental approximation. These phenomena include refraction, absorption, diffraction, and multiple-scattering of propagating waves.  Although full-wave image reconstruction has promising features and can lead to new imaging technologies, it has been regarded as impractical due to its high computational burden.  This talk will be on our effort of making full-wave imaging attainable with two approaches:  fast algorithms and supercomputing. We formulate image reconstruction as inverse multiple-scattering problem which is solved by nonlinear optimization method. The mathematically-exact functional derivative is found with the distorted-Born approximation.  However, a large image reconstruction requires solving hundreds of thousands of forward-scattering problems, i.e., inversion of large _N_-by-_N_ dense matrices.  As a remedy, we employ the multilevel fast multipole algorithm for solving these forward problems with O(_N_) computational complexity.  Furthermore, we use NCSA’s Blue Waters supercomputing facility with CPU+GPU node architecture for massively-parallel reconstructions.  For efficient implementation, we seek low-level GPU optimizations and effective heterogeneous computing. This talk provides an overview of computational methods, efficient parallelization strategies on large supercomputers, some GPU optimizations, and performance results.  Results show good scaling up to 4,096 GPU nodes which provides the largest full-wave image reconstructions to date in near-real time. Several real-life scenarios will be provided where the proposed methodology is especially useful and outperforms conventional approaches in terms of image quality. Shirt bio of Mert Hidayetoglu: Mert Hidayetoglu is a Ph.D. candidate ECE Illinois, where he works with Prof. Weng Cho Chew and Prof. Wen-Mei Hwu. Mert’s research interests include electromagnetics, fast algorithms for integral-equation methods, inverse scattering and imaging, and parallel & high-performance computing. He is among the first two authors of more than a dozen of conference papers and of several journal papers. He was awarded with the professor Kung Chie Yeh and Dan Vivoli endowed fellowships by the ECE department, and with computational science and engineering fellowship by the college of engineering at Illinois. Recently, he won the second place at the 2018 IEEE IPDPS Ph.D. Forum poster competition by popular vote. In Summer 2018, he was a Givens fellow at Argonne National Laboratory.

ASELSAN’dan 2 milyar dolarlık hamle ASELSAN, dışa bağımlılığın yüzde 85 olduğu ve yılda 2 milyar dolar ithalata yol açan medikal cihaz ve bileşenleri için yerli ve milli çözümler geliştiriyor.

Türkiye’nin teknoloji merkezlerinden ASELSAN, yerli tıbbi cihazların geliştirilmesi ve bu alandaki yurt dışı bağımlılığın azaltılması için çok yönlü çalışma yürütüyor.

Türkiye’de sağlık teknolojilerindeki dışa bağımlılık yüzde 85 düzeyinde bulunuyor ve bu alanda yılda 2 milyar dolarlık ithalat gerçekleştiriliyor. Yerli üreticiler ise ileri teknoloji gerektirmeyen, katma değeri düşük ürünlere yöneliyor. Bakım-onarım anlaşmaları, sarf malzeme ihtiyacı ve yazılım güncelleme masraflarıyla medikal cihazların maliyet yükü artıyor.

Savunma ve sağlık, teknolojik olarak birbirini besleyebilecek iki önemli sanayi kolu olarak dikkati çekiyor. Bu alanlarda temel teknolojilerin çift amaçlı (dual-use) kullanımıyla yaygın şekilde karşılaşılıyor. Bu nedenle ASELSAN’ın savunma alanında sahip olduğu teknolojilerle medikal cihaz ve bileşenlerini yerli ve milli geliştirebileceği değerlendirilerek, şirketin faaliyet alanına sağlık teknolojileri de eklendi.

Sağlık teknolojileri alanındaki öncelikli faaliyet konusu, içerdiği teknolojilerin ASELSAN’ın tecrübeli olduğu alanlarla ortak olması göz önünde bulundurularak “medikal görüntüleme sistemleri” olarak belirlendi.

Sağlık Bakanlığı, manyetik rezonans (MR) görüntüleme, bilgisayarlı tomografi, ultrasonografi, dijital röntgen cihazlarının yerlileştirilmesiyle ilgili bir projeyi hayata geçirmek için çaba sarf ediyor. ASELSAN da sağlık endüstrisi açısından çok önemli olan bu proje kapsamında savunmada edindiği tecrübeyi, sağlık endüstrisi ekosistemiyle çalışarak ülkenin hizmetine sunmayı hedefliyor.

ASELSAN, bu projeye hazırlık olması amacıyla öz kaynaklarıyla “mobil dijital röntgen” ve “yerli MR görüntüleme sistemi” geliştirilmesi projelerini başlattı. Gelecek yıl ürünlerin ilk örneklerinin çıkarılmasına yönelik çalışmalar devam ediyor.

Yerli ürünler için yeni iş birlikleri

ASELSAN, bu projelere ek olarak, Türkiye’nin sağlık ekosisteminde faaliyet gösteren yetkin ve start-up firmalarıyla beraber çalışma olanaklarını değerlendiriyor. Bu doğrultuda, defibrilatör (elektroşok) cihazlarında iş birliği yapmak üzere ilk adım atıldı. Bu adımı yaşam destek cihazlarında yapılacak diğer iş birlikleri izleyecek.

ASELSAN’ın mühendislik, yüksek teknolojili ürün geliştirme ve kalite yönetimi kabiliyetleriyle iş birliği yapılan firmaların alan uzmanlığı bir araya getirilecek, yenilikçi ve uluslararası pazarda iddialı ürünlerin yerli imkanlarla üretimi gerçekleştirilecek. Tıbbi cihaz alanında, Türkiye içinde benzer iş birlikleri artırılarak devam edecek.

Haberin tamamına buradan ulaşabilirsiniz: https://www.aa.com.tr/tr/ekonomi/aselsandan-2-milyar-dolarlik-hamle/1249716 Kaynak: Anadolu Ajansı

Dr. Gene R. Stoner (Misafir Öğretim Üyesi) UMRAM’daki meslektaşları ile Journal of Neurophysiology’de bir araştırma makalesi yayınlamıştır. Çalışmalarında, zaman boyutundaki görsel-işitsel etkileşimleri ve MT alanındaki nöronları aktive eden bir dizi görsel-işitsel uyaran kullanmışlardır. Bu nörofizyoloji deneylerinde, MT alanı içine işitsel girdi kanıtı bulmalarına rağmen, zaman boyutundaki görsel-işitsel etkileşimleri oluşturduğu düşünülen doğrusal olmayan etkileşimleri gözlemleyememişlerdir. Çalışmanın tamamına buradan ulaşabilirsiniz.

Serhat İlbey yüksek lisans tezini 20 Nisan 2018’de başarılı bir şekilde sunmuştur. Tezinin başlığı “FAST CALIBRATION AND IMAGE RECONSTRUCTION FOR MAGNETIC PARTICLE IMAGING” şeklindedir. Bu tez çalışması UMRAM ile ASELSAN’ın ortak projesi çerçevesinde gerçekleşmiştir, ve Yrd. Doç. Dr. Emine Ülkü Sarıtaş ve Dr. Can Barış Top’un eş-danışmanlığında yürütülmüştür. Bu tezde kodlu kalibrasyon sahneleri ve sıkıştırılmış algılamara yöntemleri kullanarak normalde çok uzun süren kalibrasyon ölçümlerinin yüksek oranda hızlandırılması, ve böylelikle Manyetik Parçacık Görüntüleme’de yüksek kaliteli görüntü geriçatımı elde edilmesi önerilmiştir. Serhat doktora çalışmalarına UMRAM bünyesinde devam edecektir.

Yüksek lisans öğrencileri ve öğretim üyelerinden Toygan Kılıç, Yrd. Doç. Tolga Çukur, Oktay Algın ve Yrd. Emine Ülkü Sarıtaş tarafından  yazılan ‘Joint Partial Fourier and Compressed Sensing Reconstruction for Accelerated Time-of-Flight MR Angiography’ adlı makale Türkiye 26’ncı IEEE Sinyal İşleme ve İletişim Uygulamaları Konferansında, IEEE EMBS En İyi Öğrenci Makalesi Ödülü ‘nü aldı.

23-26 Nisan 2018 tarihlerinde, Türk Medikal Radyoteknoloji Derneğinin Kıbrıs’ta düzenlemiş olduğu, 13.Uluslararası Katılımlı Radyoteknoloji Kongresi ve Eğitim Seminerlerinde,  UMRAM Laboratuvarlarında hazırlanan “RAT COIL” bildirisi ile Mustafa Can Delikanlı sözlü bildiri birincisi seçilmiştir. 60 konuşmacı arasından sıyrılarak bu ödüle layık görülen Mustafa Can Delikanlı’yı kutlarız. Kongrede teşekkür plaketi yerine  Gaziantep Nurdağı Hatıra Ormanına bir adet fidan dikimi yapılmıştır.

Bu ödül; Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği Akademisi tarafından, bilimsel çalışmalarını övmek için genç öğretim üyelerine verilmektedir. Türkan Saylan, ülkemizde cüzzam hastalığını büyük ölçüde etkisiz kılmış, idealist bir hekimdi. Yol açıcı kişiliği, sınırsız insan sevgisi ve özverisi ile en küçüğünden en büyüğüne bütün insanların sevgisini ve saygısını kazanmış bu bilim insanı; sanat âşığı ve bir toplum önderiydi. Ödül; her yıl ölüm yıl dönümünde, onun yaşam anlayışını geleceğe taşıyacak bilim ve sanat ürünleri yaratan kişilere verilerek Türkan Saylan adı ve anlayışı yaşatılmaktadır. Dr. Algın’ı kutluyor, başarılarının devamını diliyoruz.

Yıldırım Beyazıt Üniversitesi öğretim üyesi  Dr. Oktay Algin Profesör oldu. Bilindiği gibi Radyolog Dr. Algin, aynı zamanda UMRAM’da  yardımcı öğretim üyesidir ve aralarında;  “Alipour, A., Gökyar, S., Algin, O., Atalar, E. ve Demir, H.V., ile., ‘An inductively coupled ultra-thin, flexible and passive RF resonator for MRI marking and guiding purposes: clinical feasibility in Magnetic Resonance in Medicine 2018, 80:361-370.’; Silemek, B., Açelel, V., Oto, C., Alipour, A., Aykut, Z.G., Algin, O. ve Atalar, E., A ile ‘Temperature Sensor Implant for Active Implantable Medical Devices for In Vivo Subacute Heating Tests Under MRI in Magnetic Resonance in Medicine 2018, 79:2824-2832.’ gibi çalışmaların da bulunduğu pek çok ortak çalışmayı UMRAM araştırmacıları ile birlikte yapmıştır. Dr. Algin özellikle hidrosefali konusundaki araştırmaları ile bilinir. Kendisini tebrik eder başarılarının devamını dileriz.