Duyurular

Semih Kurt, Yavuz Muslu ve Emine Ülkü Sarıtaş, IEEE Tıbbi Görüntüleme İşlemlerinde “Kısmi FOV Merkezi Görüntüleme (PCI): Manyetik Parçacık Görüntülemesi için Sağlam Bir X-Uzay Görüntüsü Rekonstrüksiyonu” başlıklı bir makale yayınladı. Manyetik Parçacık Görüntüleme (MPI), uygulanan manyetik alanlara doğrusal olmayan tepkilerini kullanarak süperparamanyetik demir oksit (SPIO) nanoparçacıkların uzamsal dağılımını görüntüleyen, ortaya çıkan tıbbi bir görüntüleme yöntemidir. Bu çalışmada, büyük ölçüde basitleştirilmiş işlem adımları ile Kısmi FOV Merkezi Görüntüleme (PCI) adı verilen sağlam bir x-uzay görüntü rekonstrüksiyon tekniği önerilmiştir. UMRAM’deki şirket içi MPI tarayıcı üzerinde kapsamlı simülasyonlar ve görüntüleme deneyleri, PCI’nin gürültü sağlamlığı ve parazit sağlamlığı arasında bir denge sunduğunu ve ideal olmayan sinyal koşullarına ve görüntü kalitesine karşı sağlamlık açısından standart x-uzay rekonstrüksiyonunu geride bıraktığını gösteriyor.

Abstract:
Magnetic Particle Imaging (MPI) is an emerging medical imaging modality that images the spatial distribution of superparamagnetic iron oxide (SPIO) nanoparticles using their nonlinear response to applied magnetic fields. In standard x-space approach to MPI, the image is reconstructed by gridding the speed-compensated nanoparticle signal to the instantaneous position of the field free point (FFP). However, due to safety limits on the drive field, the field-of-view (FOV) needs to be covered by multiple relatively small partial field-of-views (pFOVs). The image of the entire FOV is then pieced together from individually processed pFOVs. These processing steps can be sensitive to non-ideal signal conditions such as harmonic interference, noise, and relaxation effects. In this work, we propose a robust x-space reconstruction technique, Partial FOV Center Imaging (PCI), with substantially simplified pFOV processing. PCI first forms a raw image of the entire FOV by mapping MPI signal directly to pFOV center locations. The corresponding MPI image is then obtained by deconvolving this raw image by a compact kernel, whose fully-known shape solely depends on the pFOV size.We analyze the performance of the proposed reconstruction via extensive simulations, as well as imaging experiments on our in-house FFP MPI scanner. The results show that PCI offers a tradeoff between noise robustness and interference robustness, outperforming standard x-space reconstruction in terms of both robustness against non-ideal signal conditions and image quality.

https://ieeexplore.ieee.org/document/9095326

UMRAM araştırmacımız Dr. Dilan Çelebi-Birand’ın ”Dietary and Pharmacological Interventions That Inhibit Mammalian Target of Rapamycin Activity Alter the Brain Expression Levels of Neurogenic and Glial Markers in an Age-and Treatment-Dependent Manner” başlıklı makalesi yayınlandı.

Abstract
Intermittent fasting (IF) and its mimetic, rapamycin extend lifespan and healthspan through mechanisms that are not fully understood. We investigated different short-term durations of IF and rapamycin on cellular and molecular changes in the brains of young (6–10 months) and old (26–31 months) zebrafish. Interestingly, our results showed that IF significantly lowered glucose levels while increasing DCAMKL1 in both young and old animals. This proliferative effect of IF was supported by the upregulation of foxm1 transcript in old animals. Rapamycin did not change glucose levels in young and old animals but had differential effects depending on age. In young zebrafish, proliferating cell nuclear antigen and the LC3-II/LC3-I ratio was decreased, whereas glial fibrillary acidic protein and gephyrin were decreased in old animals. The changes in proliferative markers and a marker of autophagic flux suggest an age-dependent interplay between autophagy and cell proliferation. Additionally, changes in glia and inhibitory tone suggest a suppressive effect on neuroinflammation but may push the brain toward a more excitable state. Mammalian target of rapamycin (mTOR) activity in the brain following the IF and rapamycin treatment was differentially regulated by age. Interestingly, rapamycin inhibited mTOR more potently in young animals than IF. Principal component analysis supported our conclusion that the regulatory effects of IF and rapamycin were age-specific, since we observed different patterns in the expression levels and clustering of young and old animals. Taken together, our results suggest that even a short-term duration of IF and rapamycin have significant effects in the brain at young and old ages, and that these are age and treatment dependent.

https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/rej.2019.2297

Umram öğretim üyelerimizden Burcu A. Urgen ve Ayse P.Saygın'ın ''Predictive processing account of action perception: Evidence from effective connectivity in the action observation network'' başlıklı makaleleri yayımlandı.

Abstract

Visual perception of actions is supported by a network of brain regions in the occipito-temporal, parietal, and premotor cortex in the primate brain, known as the Action Observation Network (AON). Although there is a growing body of research that characterizes the functional properties of each node of this network, the communication and direction of information flow between the nodes is unclear. According to the predictive coding account of action perception (Kilner, Friston, & Frith, 2007a; 2007b), this network is not a purely feedforward system but has backward connections through which prediction error signals are communicated between the regions of the AON. In the present study, we investigated the effective connectivity of the AON in an experimental setting where the human subjects' predictions about the observed agent were violated, using fMRI and Dynamical Causal Modeling (DCM). We specifically examined the influence of the lowest and highest nodes in the AON hierarchy, pSTS and ventral premotor cortex, respectively, on the middle node, inferior parietal cortex during prediction violation. Our DCM results suggest that the influence on the inferior parietal node is through a feedback connection from ventral premotor cortex during perception of actions that violate people's predictions.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010945220301155

Bilkent Üniversitesi, 31 Mayıs 2020 tarihinde Psikoloji ve Felsefe bölümleri ve Nörobilim programının katkılarıyla 7. Uluslararası Beyin ve Bilişsel Bilim Sempozyumuna (ISBCS 2020) ev sahipliği yaptı. Sempozyumun bahar döneminde kampüste gerçekleştirilmesi planlanıyordu ancak COVID-19 sebebiyle sanal olarak twitter üzerinden yapılmasına karar verildi.

UMRAM öğretim üyelerinden Burcu Ayşen Ürgen, Hüseyin Boyacı, Hulusi Kafalıgönül ve Michelle Adams ve Bilkent Felsefe bölümünden Simon Wigley sempozyumun organizasyonunda görev aldı. 

Sempozyuma Amerika ve Avrupa’dan 4 değerli konuşmacı katıldı. Konuşmaların ardından, konuşmacılarla twitter üzerinde canlı olarak soru-cevap seansı yapıldı. Sempozyumda ayrıca 32 tane poster sunuldu. Posterler 5 dakikalık daha önce kaydedilmiş video konuşmalar olarak twitter’da paylaşıldı ve poster sahipleri, sempozyum katılımcılarından çalışmaları üzerine geribildirim aldılar. 

Sempozyumdaki tüm konuşmaların ve posterlerin videolarına sempozyum websitesinden erişilebilir: http://isbcs2020.bilkent.edu.tr/program.html

Sempozyumdaki tartışmalara da twitter üzerinden erişilebilir: https://twitter.com/isbcs2020

Bilkent Üniversitesi’nin yeni çalışma düzenine geçişle ilgili aldığı kararlar doğrultusunda, UMRAM’da 1 Haziran 2020 tarihinden başlayarak, çalışma düzenimizle ilgili aşağıdaki esasları duyurmak isteriz. 

1) MR tarayıcı ve insan deneyleri için kullanılan diğer laboratuvarlar kullanılabilecektir. Bu dönemde, MR Tarayıcı ve Laboratuvar kullanımına ilişkin prosedürler ayrıca duyurulacaktır. 

2) Personelin normal mesaisine başlaması beklenmektedir. Mesaiye başlamasına engel kronik hastalığı olanların yönetime durumlarını belirtmesi gerekmektedir.

3) Çalışma alanlarında maske takılması ve mesafe kurallarına titizlikle uyulması beklenmektedir. Maskeler, UMRAM’dan temin edilebilecektir. 

4) Diğer konular ve hizmetler için üniversitenin duyurularının takip edilmesi gerekmektedir.

Şu sıralar, ABD patent ve ticari marka ofisi tarafından, MRI donanım iyileştirmeleri hakkında yayın yapıldı. Buna göre, patent alanlar, UMRAM’dan Süheyl Taraghinia, Bilal Taşdelen, Ergin Atalar ve iki eski UMRAM araştırmacısı Redi Poni ile Koray Ertan’dır. Patentler aşağıda listelenmiştir.

Covid19 salgını nedeniyle devletimizin ve üniversitemizin aldığı tedbirler uyarınca UMRAM’da :

1)      Çalışmalarını evden yürütebilen çalışanlarımızın evde kalması teşvik edilmiştir. Bu kapsamda merkezde fiziki olarak bulunan araştırmacı sayısı önemli ölçüde düşürülmüştür.
2)      Tüm deneysel MR çekimleri ve hayvan deneyleri durdurulmuştur.
3)      Fiziki toplantılar durdurularak toplantıların video konferans şeklinde yapılması sağlanmıştır.
4)      Merkezde farklı noktalarda el antiseptiği bulundurulmaktadır.
5)      Merkezde sosyal mesafeye uyulması ve maske kullanım zorunluluğu getirilmiştir.

UMRAM mezunlarından Ali Çağlar Özen, Ergin Atalar ile işbirliği içerisinde bir makale yayınladı. University of Freiburg’da çalışan Dr. Çağlar ile yine aynı üniversitede çalışan diğer yazarlar “MR safety watchdog for active catheters: Wireless impedance control with real‐time feedback” adlı makaleyi MRM’de yayınladı. Detaylı bilgilere buradan ulaşabilirsiniz.

UMRAM'da, Salman Ul Hassan Dar, Muzaffer Özbey, Ahmet Burak Çatlı, ve Tolga Çukur tarafından “A Transfer‐Learning Approach for Accelerated MRI Using Deep Neural Networks” adlı makale yayınlandı. 

Detaylı bilgilere buradan ulaşabilirsiniz.

UMRAM Kullanıcıları Buluşması, farklı alanlardan kullanıcılarıyla gerçekleşti. Aynı zamanda yeni yıl kutlaması da yapıldı.