Duyurular

Dr. Hüseyin Boyacı Profesör rütbesine yükseltildi. Dr. Boyacı şu anda Ulusal Manyetik Rezonans Araştırma Merkezi’nin (UMRAM) müdür yardımcısı olup ana dalı Bilkent Psikoloji Bölümüdür. Dr. Boyacı, Doktora derecesini Bilkent Üniversitesi Fizik Bölümü’nden aldı. New York Üniversitesi ve Minnesota Üniversitesi’nde doktora sonrası araştırmacı olarak görev aldı. 2008 yılında Bilkent Üniversitesi Psikoloji Bölümü’ne katıldı. Eşi Katja Doerschner ie birlikte UMRAM’ın ilk öğretim üyeleri oldular. Doçent olduktan hemen sonra, Dr. Boyacı, 2014 yılında San Diego, California Üniversitesi’nde geçirdiği bir yıllık sabbatical izin aldı. 2016-2019 yaz aylarında Almanya’daki JL Giessen Üniversitesi’nde misafir profesör oldu. Araştırma alanı görsel algı ve onun nöronal temelleridir. Araştırma ekibi, görme bilimi problemlerine yanıt bulmak için davranışsal deneyler, nörogörüntüleme (fMRI) ve hesaplamalı modelleme kullanıyor. Hak edilmiş terfi için kendisini kutluyoruz.

UMRAM’ın yeni YouTube kanalı ve Facebook sayfası yayına girmiştir. Bildirimleri ve son haberleri almak için abone olunabilir ve sayfalar takip edilebilir.   YouTube: https://www.youtube.com/channel/UCfPApPtAbIThLTTrbLYslWQ Facebook: https://www.facebook.com/bilkentUMRAM

Alireza Sadeghi Tarakameh ” Novel Techniques and Innovative Design for the RF Chain of Magnetic Resonance Imaging Scanners ” başlıklı doktora tezini 29 Temmuz 2020 tarihinde sundu.   Abstract In this dissertation, novel techniques and innovative designs are proposed to serve one of the main goals of MRI, which is achieving the best image quality by improving signal-to-noise ratio (SNR) while confined to the patient’s safety restrictions determined by specific absorption rate (SAR) limits. This dissertation comprises five different contributions to the field. First, the co-simulation method is accelerated using the equivalent circuit model of the intended coil and introduced as a compact novel technique for the fast design of transmit array (TxArray) coils. It is shown that the existing co-simulation method can be accelerated by more than 20-fold for different types of TxArray coils. In another study, a simple strategy is introduced for optimizing the topography of transmit elements to reduce the local SAR at ultra-high field (UHF, B0 ≥ 7 T) MRI. It is shown that the peak local 10g-averaged SAR can be reduced more than 20% for different types of transmit elements at two different field strengths (i.e., 7 T and 10.5 T). As another contribution, confining to the safety limits, the first in vivo human head images at 10.5 T is acquired. To ensure the safety of subjects, the EM simulation model of the radiofrequency (RF) coil is validated using an expanded validation workflow, then, safe RF power levels were calculated. In another study, a novel short dipole-like element with improved SAR performance, NODES antenna, is introduced which provides an opportunity to design highly-dense TxArray coils for UHF-MRI. Eventually, a nine-channel transmit/receive coil is built and human cadaver spine images are acquired at 10.5 T. In the final study, a new parameter, ultimate intrinsic SAR efficiency (UISARE), is introduced and calculated as the upper bound for SAR performance of the transmit coils at different field strengths. Overall, this dissertation proposes novel techniques and innovative structures for designing the TxArray coils, which mainly contribute to enhancing image quality and patient safety by improving SNR and reducing SAR.

Cemre Arıyürek ” Frequency Response Analysis and Reconstruction Weighting Schemes for MR Elastography” başlıklı doktora tezini sundu.   Abstract Magnetic resonance elastography (MRE) non-invasively and quantitatively assesses the elasticity of the in-vivo tissue. In MRE, shear waves are induced to the tissue by an actuator, while phase-contrast images are obtained by magnetic resonance imaging (MRI). Finally, elasticity maps are generated using displacement information carried by phase-contrast images. The direction and frequency of the induced shear waves could be crucial in MRE. Here, it is demonstrated by the frequency response MRE simulations that modes of the shear waves can be observed in the brain during MR elastography with high shear wave displacement values at the mode frequencies. High shear wave displacements,  10-20 times of the applied displacement, were observed at mode frequencies in phantom MRE experiments. The second part of the thesis focuses on weighting schemes to combine multiple elasticity maps reconstructed from data collected for different excitation frequencies and motion direction. A new weighting scheme, which maximizes the signal-to-noise ratio (SNR) of the final wave speed map, has been proposed for tomoelastography and Helmholtz inversions. For both inversion techniques, considering the noise on the complex MRI signal, the SNR of the reconstructed wave speed map was formulated by an analytical approach assuming a high SNR. Thus, with the proposed SNR weighting method, while not altering the accuracy or spatial resolution of the wave speed map, the SNR of the wave speed map has been improved by 2 and 1.6 times for tomoelastography and Helmholtz inversion, respectively.  The bias occurring for low SNR data cases was eliminated in tomoelastography and reduced in Helmholtz inversion with the proposed SNR-weighted reconstructions. Similarly, a strain-based weighting for MRE reconstruction has been introduced. Experimental results demonstrated that strain weights could prevent artifacts at the boundaries of encapsulated tumors or tissues with membranes; however, further examination is required. In this thesis, two independent contributions have been made to the field of magnetic resonance elastography. By showing the existence of modes of the shear waves in the body, new fronts are opened in the MRE actuation methods and safety. The improvements in the elasticity map inversions could lead to the routine use of MRE in clinical practice.    

Ankara Üniversitesi Sosyal Psikiyatri Anabilim Dalı yüksek lisans öğrencisi olan ve UMRAM öğretim üyesi Burcu Ayşen Ürgen‘in eş danışmanlığında çalışan Büşra Sarıgül, yüksek lisans tezini başarıyla savunmuştur. “Human Perception of Social Robots and Robotics Technology in Mental Health Services” başlıklı tezde insan-robot etkileşiminde işitsel-görsel öngörücü süreçler incelenmiştir. Tez çalışmasının bir bölümü, bu yıl düzenlenen ACM/IEEE International Conference on Human-Robot Interaction (HRI 2020) konferansında Late Breaking Report olarak da sunulmuştur. Çalışmanın özeti https://dl.acm.org/doi/abs/10.1145/3371382.3378302 adresinde, HRI 2020 video sunumu ise https://www.youtube.com/watch?v=Yxcn4Kilo6g&t adresinde yer almaktadır.  

UMRAM MR GÖRÜNTÜLEME CİHAZI COVID-19 İÇİN HİJYEN PROSEDÜRLERİ MR kullanıcılarının, katılımcıların, hastaların, hayvan dostlarımızın ve UMRAM’ da çalışan herkesin güvenliği için aşağıdaki hijyen prosedürleri hazırlanmıştır. Herkesin kesinlikle bu kurallara uyması GEREKMEKTEDİR. Bu kurallara uymayanların cihazı kullanımları YASAKLANACAKTIR. Aşağıda belirtilen kurallar hijyen ile ilgili prosedürlerdir. MR kullanımı sırasında metallerin ve MR uyumlu implantların kontrolü, kişilerden onam alınması gibi diğer tüm prosedürlerin her zaman olduğu gibi uygulanmaya devam etmesi gerekmektedir. Bu kurallar duyurulmaları ile birlikte yürürlüğe girer ve bir sonraki duyuruya kadar geçerli kalırlar. Genel prosedürler: Belgenin geri kalanında “MR odası” MR cihazının bulunduğu odayı ifade eder. “MR sahası”, MR odası ile kontrol odasının tümünü ifade eder. Aşağıda belirtilenlerin yerine getirilmesi kesinlikle zorunludur. ● İnceleme türü (fantom, insan veya hayvan) rezervasyon yaparken takvimde belirtilmelidir. ● İnsan, hayvan veya fantom içeren incelemeler arasında en az 1 saatlik boşluk olması gerekmektedir. ● Kullanıcılar ek boşluk süresi için ayrıca ücretlendirilmeyecektir. Ancak, kullanıcıların bu ek boşluk sürelerini “CİHAZI KULLANMAYIN!” notu ile takvimde belirtmeleri gerekmektedir. ● Boşluk süresinin, herhangi bir ek inceleme, analiz veya MR sahasında herhangi bir çalışma için kullanılmaması gerekmektedir. Kullanıcıların incelemelerini tamamlamaları ve randevularının sonunda MR sahasını terk etmiş olmaları gerekmektedir. ● Kullanıcıların grip benzeri semptomları olmamalıdır. Örnek bir kontrol listesi aşağıda verilmiştir. Herhangi bir soruya pozitif cevap veren olursa, çalışma ertelenmelidir. ● Kullanıcıların her zaman ağız ve burnu kapatan yüz maskesi takmaları gerekmektedir. ● Kullanıcıların MR sahasına girmeden önce ellerini yıkamaları ve kurutmaları gerekmektedir. ● MR sahasına girdikten sonra kullanıcıların ellerini dezenfekte etmeleri ve eldiven giymeleri gerekmektedir ve sonrasında kişisel eşyalarına dokunmamalıdırlar. ● Maskeler ve eldivenler UMRAM tarafından sağlanacaktır. ● Kullanılan, dokunulan, solunan veya başka herhangi bir şekilde etkileşime girilen tüm nesne ve yüzeylerin inceleme sonunda dezenfekte edilmesi gerekmektedir. Dezenfektan maddeleri UMRAM tarafından sağlanacaktır. Yardıma ihtiyacınız olursa, teknik personelimiz dezenfektanları uygulamak için size rehberlik edecektir, bu konuda kendilerinden yardım isteyiniz. ● Tüm atıkların, MR sahasının dışına yerleştirilen tıbbi atık kutusuna atılması gerekmektedir. Teknik personelimiz atık kutusunu bulmanıza yardımcı olacaktır. ● Maske ve eldivenlerin tekrar kullanılmaması ve çıkarıldıklarında yenilerinin kullanılması gerekmektedir. . ● Eldivenlerin dış yüzeyleri cilde temas etmeyecek şekilde çıkarılmaları gerekir; iç yüzeyi dışa doğru çevirin, böylece diğer eldivenin dış yüzeyinin üzerini kapatarak çıkarın. ● Kişisel eşyaların konsol masa ve sandalyelerine bırakılmaması gerekmektedir. Dolaplarda uygun şekilde saklanmalı veya MR sahasındaki yeni masaya konmalıdır. ● Su dahil her türlü yiyecek ve içecek tüketimi yasaktır. İnsan katılımcıların veya hastaların gerekirse inceleme ile ilgili ilaçlarını almasına izin verilebilir. Bunun için tek kullanımlık kaplar kullanılmalıdır. ● İnsan katılımcıların, hastaların veya hayvanların temas edeceği yatak, baş yastıkları gibi tüm yüzeylerin uygun şekilde örtülmesi gerekmektedir. Aşağıdaki kurallara uymaya azami özen gösterilmelidir ● Kullanıcılar aralarında 1,5 m mesafe bırakmalıdırlar. ● Kullanıcılar ciltlerini açıkta bırakmayan uzun giysiler giymelidir. ● İncelemenin niteliğinden dolayı gerekli olmadıkça MR sahasında ikiden fazla kullanıcı bulunmamalıdır. ● Ellerini sık sık yıkaması ve dezenfekte etmesi gereken kullanıcıların cilt bakım ürünleri kullanmaları önerilir. İnsan katılımcı ve hasta (HPP) prosedürleri: İnsan katılımcılar için aşağıda belirtilenlerin yerine getirilmesi kesinlikle zorunludur ● HPP’lerle önceden iletişime geçilerek grip benzeri semptomları olmadığından emin olunmalıdır. Örnek bir kontrol listesi aşağıda verilmiştir. Herhangi bir soruya pozitif cevap verilirse incelemenin ertelenmesi gerekmektedir.. ● Aynı çalışmayla ilgili olsalar bile, iki HPP’nin incelemeleri arasında en az 4 saatlik bir boşluk olmalıdır. ● UMRAM dışından gelen HPP’ler binanın dışında karşılanmalıdır. ● HPP’lerin vücut ısısı binanın içine girmeden önce ölçülmelidir. Ölçüm cihazı UMRAM tarafından sağlanacaktır. ● HPP’lerin binaya girmeden önce maske takmaları zorunludur. HPP inceleme sırasında maske takacaksa ve maskenin metal bir parçası varsa MR görüntülerinde artefaktlar oluşturabilir. Bu bir sorun yaratacak ise, binaya girmeden önce HPP’den maskelerinin metal kısımlarını çıkarmasını isteyin. ● Ellerini yıkamaları ve kurutmaları için HPP’ler tuvaletlere yönlendirilmelidir. ● HPP’lere MR sahasına girerken eşlik edilmelidir. ● MR sahasına bir seferde yalnızca bir HPP kabul edilmelidir. ● HPP’ler üzerlerindeki tüm eşyalarını çıkarmalı ve MR sahasındaki dolaplara veya masaya güvenli bir şekilde bırakılmalıdır. ● HPP’lerin tıbbi önlük giymeleri zorunludur. Bu önlükler UMRAM tarafından sağlanacaktır. Önlük, HPP’lerin kıyafetleri üzerine giyilebilir. ● HPP’ler ellerini dezenfekte etmeli ve daha sonra hiçbir şeye dokunmamalıdır. ● Gerekirse, HPP’ye MR sahasında bir refakatçi eşlik edebilir. Diğer ziyaretçilerin bekleme salonunda kalmaları ve sosyal mesafe kurallarına uymaları gerekmektedir. ● Kullanıcı ile HPP arasındaki mesafe, HPP’yi yatağa yerleştirip bobinleri takmak da dahil olmak üzere her zaman için mümkün olduğu kadar uzun tutulmalıdır. İncelemenin doğası gereği gerekmedikçe HPP’yi yalnızca bir kullanıcı hazırlamalı ve cihaz içine göndermelidir. ● HPP’ler kulak tıkaçlarını kendileri takmalıdır. Aşağıdaki kurallara uymaya azami özen gösterilmelidir ● HPP’ler mümkünse imzalı onay formlarını yanlarında getirmelidir. Bu mümkün değilse, HPP’lere MR sahasında form sağlanmalıdır. Form, MR sahasına yerleştirilen yeni masa üzerinde imzalanmalıdır. HPP’ler kağıtları imzalamak için kendi kalemlerini kullanmalıdır. Kalemleri yoksa, kendilerine dezenfekte edilmiş bir kalem sağlanmalıdır. ● HPP’lerin MR sahasında konsol masasının bulunduğu kısma girmesine izin verilmemelidir. Bu bölüm sadece kullanıcılar için ayrılmıştır ● HPP’ler inceleme sırasında maske takmalıdır. Ancak artefakt veya kafa hareketlerinden kaçınmak mümkün değilse, HPP’ler maskelerini yatağa yerleştirilmeden hemen önce çıkarabilir. ● HPP’nin incelemenin doğası gereği maske takamaması durumunda, kullanıcının ekstra dikkat göstermesi ve tam yüz koruyucu şeffaf bir siperlik giymesi tavsiye edilir. Bu siperlikler UMRAM tarafından sağlanacaktır. Grip belirtisi kontrol listesi: 1. Son 14 gün içinde ateşiniz oldu mu? Evet / Hayır 2. Son 14 gün içinde kuru öksürük şikayetiniz oldu mu ? Evet / Hayır 3. Son 14 gün içinde herhangi bir akut kas probleminiz/uzuv ağrınız oldu mu?Evet / Hayır 4. Son 14 gün içinde akut bir baş ağrınız oldu mu? (Sık sık baş ağrısı yaşıyorsanız, baş ağrısının her zamanki gibi hissedilmesi durumunda “Hayır” cevabını verin) Evet / Hayır 5. Son 14 gün içinde tat, lezzet ve ya koku alma hissinde ani değişiklikler oldu mu? Evet / Hayır 6. Son 14 gün içinde akut ishal geçirdiniz mi? Evet / Hayır 7. Son 14 gün içinde şüpheli diğer vakalarla görüştünüz mü? Evet / Hayır 8. Son 14 gündür yurt dışında bulundunuz mu? Evet / Hayır Hayvan İnceleme Prosedürleri: ● Hayvanlar, aksi gerekli olmadıkça, MR sahasına yan kapıdan alınmalıdır. ● Bir hayvan çalışmasından sonra 1 saatlik bir boşluk olması zorunludur. Bir hayvan çalışması sırasında 1’den fazla hayvan denek olabilir.

Ehsan Kazemivalipour, “Innovative Designs of RF Transmit Array Coils and RF Heating Analysis of Patients with Implanted DBS” başlıklı doktora tezini sunmuştur.   Özet Güvenli ve verimli bir MRI incelemesi, uygun radyofrekans (RF) bobinlerinin bilinçli biçimde tanımlanmasına, tasarlanmasına, üretilmesine, değerlendirilmesine ve uygulanmasına dayanır. Bu hedefler doğrultusunda tez, yeni RF iletim dizisi (TxArray) bobini tasarım tekniklerine üç katkı ve derin beyin uyarımı (DBS) implantlarının RF iletim bobinlerinde ısınmasının azaltılmasına iki katkı içermektedir. Birden fazla iletim elemanına sahip TxArray bobinleri, alan düzgünlüğünü artırmak, çekim süresini kısaltmak, özgül soğurma oranı (SAR) sıcak noktalarını azaltmaya çalışırken RF şimi yapmak ve güç verimliliğini artırmak için kullanılabilecek ek serbestlik dereceleri sağlar. Bir TxArray bobininin nasıl tasarlandığı, paralel iletim teknolojisinden elde edeceği kazancı önemli ölçüde etkiler. Bu nedenle tezin ilk katkısı, TxArray bobinlerinin verimli çalışma modlarını elde etmek ve güç tüketimi açısından verimli RF şimi sağlamak için saçılma matrisinin özmod analizidir. Algoritma 8 ile 32 kanal arasında dört 3T TxArray bobininin tasarımında denenmiş ve yaygın tasarım tekniklerine göre uyarma uzayının boyutunu %50’ye kadar artırabildiği gösterilmiştir. Bir sonraki katkı, kusurlu üretilmiş bir TxArray bobininin eşdeğer devre modeli kullanılarak hassas biçimde ayarlanmasını sağlayan hızlı bir ince ayar yöntemidir. Ölçülen saçılma parametreleri toplu bir devre modeline uydurularak 8 kanallı bir 3T TxArray bobininin tüm endüktans ve dirençleri kestirilmiş ve üretilen bobin tek bir yinelemede uygun biçimde ayarlanmıştır. Başka bir katkı olarak, bir TxArray bobininin komşu olmayan iletim kanalları arasındaki manyetik bağlaşımı en aza indirmek için kuramsal bir bobin boyutu eniyilemesi önerilmiştir. 12 kanallı bir 3T TxArray bobininin tüm öz ve karşılıklı endüktansları hesaplanıp karşılıklı endüktanslar en aza indirilerek boyutları belirlenmiş ve yaklaşımın uygulanabilirliği sonlu elemanlar benzetimleriyle gösterilmiştir. RF iletim bobinlerine ilişkin güvenlik konularından biri, metal implantların bobinin elektrik alanlarıyla etkileşimi nedeniyle SAR’ın yerel olarak artmasıdır. Bu nedenle dördüncü katkı, mekanik olarak döndürülen doğrusal kutuplu bir kuş kafesi rezonatörü kullanan, hastaya göre ayarlanabilir bir 3T iletim bobiniyle hastalardan elde edilmiş gerçekçi DBS implantlarının uçlarındaki SAR azaltma başarımının değerlendirilmesidir. Yeniden yapılandırılabilir bobin sistemi, geleneksel dördün kuş kafesi bobinine göre SAR’ı tek taraflı elektrotlarda ortalama %83, çift taraflı elektrotlarda ise %59 azaltmaktadır. Son çalışmada, gerçekçi elektrot yörüngelerine sahip geniş bir DBS implantı grubunun uçları çevresindeki yerel SAR artışı, ticari olarak sunulan dikey açık tünelli 1,2T bir bobinde ve standart yatay kapalı tünelli 1,5T kuş kafesi bobininde incelenmiştir. 1,2T dikey bobinde SAR, 1,5T yatay bobine göre ortalama 31 kat azalmaktadır. Genel olarak tez, TxArray bobini tasarımı ile DBS hastalarında ısınmanın değerlendirilmesi ve SAR’ın azaltılması için yenilikçi yaklaşımlar önermekte ve RF iletim bobinlerinin güç verimliliği ve hasta güvenliği açısından başarımının artırılmasına katkı sağlamaktadır.  

Cemre Ariyurek, Bilal Tasdelen, Yusuf Ziya İder and Ergin Atalar ‘ın ”SNR Weighting for Shear Wave Speed Reconstruction in Tomoelastography” başlıklı yeni makaleleri yayımlandı.  

Abstract

Bilal Taşdelen, “EŞ ZAMANLI ALICI VERİCİ YAPILI GÖRÜNTÜLEME İÇİN DİNAMİK AYRIŞTIRMA VE GÜRÜLTÜ ANALİZİ” başlıklı yüksek lisans tezini sundu. Özet: Eş zamanlı alıcı-vericili MR görüntülemede, uyarı darbesinin alınan sinyale bulaşmasının yanı sıra, verici yapısından gürültü ve istenmeyen bozulmalar da alınan sinyale sızar ve görüntü kalitesini düşürür. Burada, bu bulaşmış gürültünün ve verici yükselteci kazancının özellikleri, verici yapısı gürültü yoğunluğu, ayrıştırma performansı ve görüntüleme bant genişliği incelenmiştir. Yüksek ayrıştırma sağlamanın ve alakalı parametrelerin özenle seçilmesinin önemi gösterilmiştir. Alıcı-verici ayrıştırması, bir vektör modülatörü ile birlikte bir ayrıştırma algoritması kullanılarak sağlanmıştır. Yüksek ayrıştırma ile birlikte darbeli MRG’de olduğu gibi, bulaşan verici gürültüsü, baskın gürültü kaynağı imge elde etme gürültü seviyesi baskın olana kadar düşürülmüştür. Türetilmiş gürültü-verici parametre ilişkisini doğrulamak için farklı kazanç ve gürültü özelliklerine sahip yükselteçlerin kullanıldığı deneyler yapılmıştır. Önerilen teknik ile birlikte, analog alanda 80 dB’den fazla ayrıştırma sağlanmıştır. Verici yapısından sızan gürültü ve bozulmalar azaltılmıştır. Gereken ayrıştırma miktarının sağlanmasında en önemli rolu oynayanın verici kazancı olduğu, yükselteç gürültüsünün fazla katkı sağlamadığı gösterilmiştir. Ek olarak, yukarda bahsedilen aktif ayrıştırma tekniği, Manyetik Parçacık Görüntülemede (MPG) direk-beslemenin aktif olarak silinmesi için uyarlanmıştır. Temel frekansta tespit yeteneğinin önemli bir oranda (40~dB’ye kadar) arttığı ev yapımı bir rastgele dalga biçimi relaksometresinde gösterilmiştir.   Sunum videosunu izlemek için youtube kanalımızı ziyaret edebilirsiniz: https://www.youtube.com/watch?v=3zHAllZAHp4

Tıbbi görüntülerde derin öğrenme alanında doktora öğrencisi Dr. İlkay Öksüz oksuzilkay@gmail.com Kurum Ulusal Manyetik Rezonans Araştırma Merkezi’nde tıbbi görüntü edinimi ve geriçatımı konusunda burslu doktora olanağı sunulmaktadır. Pozisyon, Prof. Dr. Tolga Çukur danışmanlığında Bilkent Üniversitesi Ulusal Manyetik Rezonans Araştırma Merkezi’nde (UMRAM) yer alacaktır. Seçilen aday Dr. İlkay Öksüz ve İstanbul Teknik Üniversitesi ile yakın iş birliği içinde çalışacaktır. Tıbbi görüntü analizi Son gelişmeler, MRI görüntülerinin daha verimli biçimde geriçatılmasını sağlamıştır. Bunun en belirgin örneği, eksik örneklenmiş k-uzayı verisinden MRI geriçatımına olanak tanıyan sıkıştırılmış algılamalı MRI’dır. MRI geriçatımı doğrusal olmayan bir eniyileme probleminin çözülmesini gerektirir. Tıbbi görüntü geriçatımında makine öğrenmesi kilit bir rol oynayabilir. Proje, makine öğrenmesindeki ve özellikle temsil öğrenmesindeki son gelişmelerden yararlanarak, görüntülerin (hatta klinik açıdan yararlı bilginin) geri kazanılması için en uygun temsil ve önselleri doğrudan ham veriden öğrenmeyi amaçlamaktadır. Projenin temel görevleri şunlardır: 1. Ham kardiyak MR verisinin edinimi 2. Eksik örneklenmiş k-uzayı verisinden kardiyak MRI geriçatımı 3. Kardiyak MRI’daki zamansal bağımlılıklardan yararlanan derin öğrenme tabanlı geriçatım algoritmalarının geliştirilmesi Burs ve ayrıntılar Doktora pozisyonları Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) tarafından tam burslu olarak (aylık 4500 TL) desteklenmektedir. Öğrenciler saygın uluslararası konferanslara katılabilecek ve önde gelen uluslararası kurumlarda zaman geçirebilecektir. Adayların Türkiye’de bir lisansüstü programa kayıtlı olması gerekmektedir ve çalışmaya hemen başlanabilmektedir. Temsili az olan grupların başvurusu özellikle beklenmektedir. Aranan nitelikler Fizik, bilgisayar bilimi ya da mühendislik alanında akademik geçmişi olan, motivasyonu yüksek öğrenciler aranmaktadır. Aranan beceriler: • Python ve derin öğrenme kütüphaneleri (örneğin PyTorch, TensorFlow ya da Keras) ile deneyim • Makine öğrenmesi ve bilgisayarlı görü problemlerine ve algoritmalarına ilgi • Klinik problemler üzerinde çalışma isteği ve MR fiziği bilgisi • İyi düzeyde akademik yazım ve İngilizce iletişim becerisi   Başvuru Başvuru için özgeçmiş, not dökümü ve neden değerlendirilmek istendiğini açıklayan kısa bir yazı (en fazla 1 sayfa) oksuzilkay@gmail.com adresine gönderilmelidir.

Belirli bir boyuttaki uyarana uzun süre maruz kalmak, aynı konumda ardından sunulan bir uyaranın algılanan boyutunu değiştirir. Ancak bu boyut uyumlanmasının görsel uzayın geri kalanını nasıl etkilediği daha önce sistematik olarak incelenmemişti. Altan ve Boyacı bu çalışmada boyut uyumlanmasını hem uyumlandırıcının konumunda hem de görsel uzayın geri kalanında sınamıştır. Sonuçlar, hedef uyaranların algılanan boyutlarının yalnızca uyumlandırıcının konumunda değil diğer konumlarda da etkilendiğini göstermiştir. Bu bulgular, boyut uyumlanmasının görsel uzayda yaygın bir bozulmaya yol açtığını ve algılanan boyutu değiştirdiğini ortaya koymaktadır. Altan ve Boyacı makalelerinde bu algısal etkinin altında yatabilecek olası hesaplamalı modelleri tartışmaktadır.  

Özet

Belirli bir boyuttaki uyarana uzun süre maruz kalmanın, aynı konumda ardından sunulan bir uyaranın algılanan boyutunu değiştirdiği iyi bilinmektedir. Ancak bu boyut uyumlanmasının görsel uzayın geri kalanını nasıl etkilediği daha önce sistematik olarak incelenmemiştir. Literatürdeki bu boşluğu doldurmak amacıyla boyut uyumlanması hem uyumlandırıcının konumunda hem de görsel uzayın geri kalanında sınanmıştır. Uyumlandırıcı ve hedef (test) uyaranı olarak çevresel görme alanında sunulan dolu diskler (Deney 1) ve halkalar (Deney 2) kullanılmıştır. Gözlemciler orta boyutlu bir uyarana uyumlanmış ve ardından sunulan daha küçük ya da daha büyük hedef uyaranların boyutunu değerlendirmiştir. Sonuçlar, hedef uyaranların algılanan boyutlarının yalnızca uyumlandırıcının konumunda değil diğer konumlarda da uyumlandırıcı boyutundan uzaklaştığını göstermiştir. Bu bulgular, boyut uyumlanmasının görsel uzayda yaygın bir bozulmaya yol açtığını ve algılanan boyutu değiştirdiğini ortaya koymaktadır. Algısal etkinin altında yatabilecek olası hesaplamalı modeller tartışılmaktadır.

 

Hussain A Jaber, İlyas Çankaya, Hadeel K Aljobouri, Orhan M Koçak ve Oktay Algin, ” Optimal Model-Free Approach Based on MDL and CHL for Active Brain Identification in fMRI Data Analysis ” başlıklı yeni bir makale yayınladı.   Fonksiyonel Manyetik Rezonans Görüntüleme (fMRI) beyin fonksiyonlarının görüntülenmesi için kullanılan sağlam, noninvaziv ve modern bir tekniktir. Bununla birlikte, fMRI çekimlerinden elde edilen veriler, çeşitli faktörler nedeniyle doğrudan yorumlanamaz. Bu faktörler, sinyal zayıflığı, fMRI verilerindeki gürültülerden ve ilgi duyulan önemli aktivasyonların diğer türlerden ayrılmasının zorluğudur. Ham fMRI verilerinin karmaşıklığı, görüntü dönüştürme, okuma / yazma ve bilgi çıkarma gibi çoklu işlemlerin optimal ve hızlı olarak yapılmasında önemli zorluklara yol açar. Bu engelleri ve zorlukları aşmak için, son zamanlarda yayınladığımız çalışmalarda fMRI veri analizi için yeni bir iş akışı yaklaşımı önerilmiştir. Oktay ALGIN ve ekibinin bu alandaki çalışmalarında, çok formatlı fMRI verilerini görselleştirirken karşılaşılan sorunların çoğunu ele almak ve çözmek için yeni bir dönüşüm ve görselleştirme arayüzü veya araç kutusu paketi (VCfMRI) tasarlanmış ve geliştirilmiştir. Geliştirilen bu arayüz veya araca CPREPP fMRI adı verilir ve burada ön işleme adımları istatistiksel analize ek olarak eklenir. Geliştirdiğimiz fMRI veri işleme metodları işitsel görevlere dayalı veri setinde denenmiş ve işitsel görevler yapılırken insan beyninin ilgili aktivasyon bölgeleri belirlemiştir. Bu nedenle, bu amaç için henüz kullanılmamış olan Nöral Gaz (NG) yöntemiyle karşılaştırma için fMRI verilerinde Geliştirilmiş Nöral Gaz (ENG) algoritmasının kullanılmasına dayanan yeni bir denetimsiz öğrenme yaklaşımı önerilmektedir. Gerçek işitsel fMRI verileri üzerindeki karşılaştırma sonuçları, ENG’nin giriş veri dizisinin sırasına karşı duyarsızlığı, bir dizi nöron seçmek için çeşitli başlatmalar ve aykırı değerler nedeniyle NG ve SPM yöntemlerinden daha iyi performans gösterdiğini göstermektedir. ENG tekniği, fMRI verileriyle NG uygulamasının tüm eksikliklerini çözebilir, insan beyninin aktif alanını etkili bir şekilde tanımlayabilir ve ağ öğrenme sürecinde minimum description length (MDL) değerine göre küme merkezinin konumlarını belirleyebilir. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32748753/